munin をちゃんと使いはじめているんですが，
値のとりこぼしがよく発生する自作 plugin があったので
ちょっと調べてみた．
munin-node.log に
Service '（プラグイン名）' timed out.
と出るパターンのタイムアウト．
Munin timeout — RedTurtle's Blog
http://blog.redturtle.it/redturtle/2011/03/17/munin-timeout
によると，munin-node.conf に
timeout 60
のように timeout を指定すればよいらしい．
（ドキュメントには書いていないけど，ソースを読めばわかるらしい．
で，ソースは未確認）
munin 1.4.7 で確認したところ，
munin-node.log に "timed out" はでなくなり，
値もとれているので，今後 timeout の設定はいれておくようにする．